由于次氯酸鈉具有廣譜抗菌活性，能夠分解活的和壞死組織，它仍然是目前比較常用的一種消毒藥物，并且在牙髓治療中有著廣泛的應用。
一般情況下，次氯酸鈉是采用2-10毫升的注射器加壓注入根管系統(tǒng)的，因為該溶液能夠被治療器械表面結構所攜帶，當術者在根管內插入器械時，它會同器械一起被運送進根管內，器械運動時，其也會被釋放進根管系統(tǒng)中，牙本質的表面張力和通透性也會有助于該液體進入根管內部。
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